LigPlot + установка

  1. Скачать и установить JRE
  2. 1a. Windows
  3. Иконка рабочего стола
  4. Примечание для пользователей Linux
  5. 1a. Windows
  6. 1б. Linux
  7. 2. Создание диаграммы LIGPLOT / DIMPLOT

В этих инструкциях предполагается, что вы загрузили файл LigPlus.zip и сохранили его в подходящем каталоге.

Если у вас нет файла, перейдите на LigPlot + домашняя страница для получения информации о его получении.

Скачать и установить JRE

Для запуска LigPlot + вам понадобится самая последняя версия среды выполнения Java от Sun:

Следуйте соответствующим инструкциям по установке в документации на странице загрузок.

Обратите внимание , что Sun Java является предпочтительным вариантом, поскольку в других версиях Java (например, OpenJDK или GCJ) могут отсутствовать некоторые классы, которые требуются LigPlot + .

Исполняемые файлы LigPlot + и связанные с ними файлы находятся в одном zip-файле LigPlus.zip . Сохраните файл в каталоге, где вы хотите сохранить исполняемые файлы.

1a. Windows

На компьютере с Windows подходящим каталогом может быть: C: \

(Обратите внимание, что установка в каталог C: \ Program Files может вызвать проблемы в некоторых системах, так как вам может потребоваться разрешение администратора для установки здесь, а также всякий раз, когда вы редактируете параметры программы).

Щелкните правой кнопкой мыши значок файла и выберите «Извлечь все». При появлении запроса выберите распаковку в C: \ .

Это создаст каталог с именем C: \ LigPlus и поместит все программные файлы в этот каталог.

Иконка рабочего стола


Автоматическая загрузка файлов .drw


1б. Linux и Mac

В Linux просто переместите файл LigPlus.zip в соответствующее место назначения, а затем разархивируйте его следующим образом: снова разархивируйте LigPlus.zip . это создаст каталог с именем LigPlus и различные подкаталоги под ним.

2. После установки

Запустите LigPlot +, как описано ниже. При первом запуске программы вам нужно будет настроить ее для своей системы. Появится форма ввода, чтобы вы могли указать места в вашей системе: файлы PDB, словарь групп Het, программу RasMol (если она у вас есть) и т. Д. Руководство по эксплуатации (см. Ниже) содержит инструкции по заполнению этой формы (см. Раздел « Пути и каталоги »).

Руководство по эксплуатации

Руководство по эксплуатации LigPlot + поставляется в формате HTML, поэтому его можно просматривать в любом веб-браузере. Вы найдете его в каталоге LigPlus / lib / docs . Просто загрузите файл с именем manual.html .

Кроме того, вы можете получить то же руководство из LigPlot +, щелкнув « Справка» в строке меню и выбрав « Вручную» .

На веб-сайте LigPlot + также имеется версия руководства по адресу: Руководство по эксплуатации ,

Примечание для пользователей Linux

Если программа была установлена ​​в каталог с правами только администратора, этот первый запуск должен выполнить кто-то, у кого есть разрешение на запись файлов в этот каталог, поскольку параметры должны быть записаны в LigPlus / lib / params / ligplus. номинальный файл

После этого пользователи, не имеющие доступа к этому каталогу, могут изменять (и сохранять) любые параметры программы, только если у них есть собственная копия файла параметров ( ligplus.par ) в их текущем каталоге, когда они запускают LigPlot +.

1a. Windows

На компьютере с ОС Windows дважды щелкните файл LigPlus.jar в каталоге LigPlus (или на ярлыке на рабочем столе, если вы его установили). Когда программа загрузится, вы увидите стартовое окно LIGPLOT + . Увидеть Руководство по эксплуатации инструкции о том, как сгенерировать диаграмму LIGPLOT / DIMPLOT .

Кроме того, вы можете дважды щелкнуть файл cLigPlus.bat в каталоге LigPlus . Это откроет командное окно перед запуском LigPlot +. В окне отображается вся информация отладки, которую создает программа, что может быть полезно в случае возникновения проблемы.

1б. Linux

В linux LIGPLOT + запускается: java -cp [путь] -jar [путь] LigPlus.jar, где [путь] - это каталог, в котором находится файл LigPlus.jar .

Чтобы сделать вашу жизнь проще, вы можете создать псевдоним для вышеуказанной команды в вашем файле .cshrc . Например:

псевдоним ligplus 'java -cp / usr / bin / LigPlus / -jar /usr/bin/LigPlus/LigPlus.jar'

Как только файл .cshrc получен (например, когда вы в следующий раз откроете терминал), просто наберите ligplus, чтобы запустить программу. Вы также можете запустить программу, набрав: ligplus file.drw , где file.drw - это название графика, который вы ранее сохранили. Эта команда запустит LIGPLOT + с указанным графиком .

пользователи Bash

Обратите внимание, что если у вас есть bash, вам нужно использовать экспорт вместо псевдонима и добавить его в ваш файл .bashrc следующим образом:

export ligplus = 'java -cp / usr / bin / LigPlus / -jar /usr/bin/LigPlus/LigPlus.jar' Затем, чтобы запустить LIGPLOT + , введите $ ligplus (с долларом спереди).

2. Создание диаграммы LIGPLOT / DIMPLOT

Увидеть Руководство по эксплуатации инструкции о том, как сгенерировать диаграмму LIGPLOT / DIMPLOT .

Похожие

Ultimate Windows Tweaker v 2.2, твик-интерфейс для Windows 7 и Vista
... Windows Tweaker для Windows 7 и Windows Vista. Ultimate Windows Tweaker 2.2 - бесплатная утилита TweakUI для настройки и оптимизации Windows 7 и Windows Vista , 32-разрядных и 64-разрядных. Этот Tweaker был впервые выпущен на Microsoft South Asia MVP Meet 2008. Его можно просто загрузить и использовать в качестве портативного приложения для настройки Windows в соответствии с вашими требованиями. Благодаря продуманной настройке она может сделать
Найдите свой ключ продукта Windows простым способом
Хотите переустановить Windows на том же ПК или переместить свою копию Windows со старого компьютера на новый? Ну, в зависимости от того, какую версию Windows вы установили, вам может понадобиться или не понадобиться ключ продукта. Если у вас Windows 7 или более ранняя версия, ваша система активируется одним ключом продукта, который хранится в реестре Windows. Используя стороннее программное обеспечение или простой скрипт, вы можете извлечь этот ключ довольно легко. Затем вы можете использовать
CrystalDiskMark & ​​CrystalDiskInfo - бесплатная диагностика диска [Windows]
Реклама Однажды я был наивным ребенком на рабочем столе, который даже не думал, что мне придется следить за здоровьем моего жесткого диска. Прыжки из мира видеоигр в Интернет, что вы ожидаете? В этот момент я бы посчитал, что удар
... AtoM. Учетные записи пользователей и группы пользователей используются для определения пользовательск...
... AtoM. Учетные записи пользователей и группы пользователей используются для определения пользовательские роли которые определяют уровни доступа, или права доступа к функциям в AtoM, начиная от доступа только для просмотра до полных прав администратора. Любой, кто хочет использовать
Создание приложения JDBC в NetBeans: пошаговое руководство
Эта статья является попыткой помочь читателям, которые испытывают трудности при создании приложения JDBC в NetBeans. Идея состоит в том, чтобы сделать вещи максимально простыми, чтобы можно было практиковаться с самого начала. Возможность увидеть, как работает ваше первое приложение, не только забавна, но и улучшает теоретическую базу. В вычислительной технике есть несколько способов сделать одну простую вещь. Это пошаговое руководство является лишь одним из них. Конечно, в создаваемом
Как скачать видео с YouTube на iPhone
Как скачать видео с YouTube на iPhone? Возможно, многие пользователи iPhone имеют проблемы с загрузкой видео с YouTube на iPhone. Существует множество программных инструментов и сервисов веб-сайтов, которые помогают пользователям ПК / Mac загружать и сохранять видео с YouTube, теперь нам нужно только одно или несколько удобных для пользователя приложений iPhone YouTube Downloader. Зачем? Иногда нам нужно сохранять эти любимые видео на iPhone, такие как последние iPhone 7/6 для последующего
28 блестящих уроков по Blender
Создание 3D-искусства не только своевременно, но и очень дорого. К счастью, одно из лучших 3D-программ не будет стоить вам ни копейки - с открытым исходным кодом Blender каждый может принять участие. Он не только бесплатный, но и сотни великолепных онлайн-учебников по Blender, которые помогут вам освоить мощное программное обеспечение. Совершенствуйте свои навыки моделирования, анимации, рендеринга и композитинга, следя за проектами и получая советы от ведущих 3D-дизайнеров в этих видео
Защитник Windows: 7 вещей, которые вы должны знать о антивирусном решении Microsoft
Реклама В то время как новые функции Windows 10 Windows 10 в картинках - экскурсия по техническому обзору Windows 10 в картинках - экскурсия по техническому обзору Технический предварительный просмотр
Инструкция по установке Microsoft Office 365 на ПК Dell
... a>Содержание: Установите Microsoft Office 365 на ПК Dell Требования к аппаратному и программному обеспечению Из чего вы устанавливаете? Инструкция по монтажу Общие проблемы при установке ПРИМЕЧАНИЕ. Если вы приобрели продукт Microsoft Office с помощью системы Dell: с 16 декабря 2016 года мы больше не
HTML шаблоны электронной почты для транзакционных электронных писем
Мы добавили новую функцию шаблона в наш интерфейс, вы можете узнать больше об этом в эта почта. Транзакционные электронные письма часто игнорируются. Стилизовать HTML-шаблоны электронной почты очень сложно: таблицы, встроенный CSS, неподдерживаемый CSS, настольные клиенты, веб-клиенты, мобильные клиенты, различные устройства - все
Создание адаптивного для мобильных устройств веб-дизайна
Вступление Мы собираемся рассказать, как создать адаптивный веб-интерфейс, разработанный для мобильных устройств. Эта статья и демонстрация пойдет по следующему: Существует еще более актуальное отзывчивое руководство по нашим новым

Комментарии

Хотите переустановить Windows на том же ПК или переместить свою копию Windows со старого компьютера на новый?
Хотите переустановить Windows на том же ПК или переместить свою копию Windows со старого компьютера на новый? Ну, в зависимости от того, какую версию Windows вы установили, вам может понадобиться или не понадобиться ключ продукта. Если у вас Windows 7 или более ранняя версия, ваша система активируется одним ключом продукта, который хранится в реестре Windows. Используя стороннее программное обеспечение или простой скрипт, вы можете извлечь этот ключ довольно легко. Затем вы можете использовать
Программу необходимо установить, и к ней можно получить доступ через контекстное меню, в котором будет отображаться запись «Что блокирует этот файл?
Программу необходимо установить, и к ней можно получить доступ через контекстное меню, в котором будет отображаться запись «Что блокирует этот файл?» Или «Что блокирует эту папку?» В зависимости от того, что выбрано. Процессы с блокировкой отобразятся в окне, и вы можете выбрать «Разблокировать»! или удали это! параметры или переименовать и скопировать параметры из Другое. LockHunter все еще находится в бета-версии, поэтому может быть не полностью стабильным, доступны 32-битные и 64-битные версии.
Как скачать видео с YouTube на iPhone?
Как скачать видео с YouTube на iPhone? Возможно, многие пользователи iPhone имеют проблемы с загрузкой видео с YouTube на iPhone. Существует множество программных инструментов и сервисов веб-сайтов, которые помогают пользователям ПК / Mac загружать и сохранять видео с YouTube, теперь нам нужно только одно или несколько удобных для пользователя приложений iPhone YouTube Downloader. Зачем? Иногда нам нужно сохранять эти любимые видео на iPhone, такие как последние iPhone 7/6 для последующего просмотра
Вы должны обновить, сбросить, восстановить или переустановить Windows?
Вы должны обновить, сбросить, восстановить или переустановить Windows? Вы должны обновить, сбросить, восстановить или переустановить Windows? Всегда хотел сбросить Windows 7 без потери личных данных? Между сбросом к заводским настройкам и переустановкой это было сложно. Начиная с Windows 8, у нас есть две новые опции: Обновить и Сброс. Какой из них прав ...

Прыжки из мира видеоигр в Интернет, что вы ожидаете?
Зачем?
A>Содержание: Установите Microsoft Office 365 на ПК Dell Требования к аппаратному и программному обеспечению Из чего вы устанавливаете?
Хотите переустановить Windows на том же ПК или переместить свою копию Windows со старого компьютера на новый?
Программу необходимо установить, и к ней можно получить доступ через контекстное меню, в котором будет отображаться запись «Что блокирует этот файл?
» Или «Что блокирует эту папку?
Как скачать видео с YouTube на iPhone?
Как скачать видео с YouTube на iPhone?
Зачем?
Вы должны обновить, сбросить, восстановить или переустановить Windows?